El nombre de Fuente de Piedra está relacionado directamente con la fuente de propiedades curativas que preside la plaza de la Constitución, principal plaza del pueblo, aunque antes de eso hay estudios que indican que hubo vida en el entorno del núcleo de población durante la época de ocupación romana.

La localidad de Fuente de Piedra tiene bastante historia, nace en 1547 por iniciativa de Antequera ante la presión de gente que venían a tomar las aguas de la fuente de la piedra de la que se tenía conocimiento desde la antigüedad, sin embargo la presencia humana en Fuente de Piedra es bastante más antigua, tendríamos que remontarnos paleolítico superior y un periodo que estaría en torno a los 18 o 14000 años antes de Cristo no por los restos que se han encontrado, la primera documentación escrita que tenemos es de la época romana del siglo 2 antes de Cristo y corresponde a una urna funeraria, una inscripción en la que se hace referencia a las propiedades curativas que tenía en las aguas de las que posiblemente ya se tenía conocimiento de épocas anteriores.

La necrópolis de La Noria, en el término municipal, es reveladora en ese aspecto no solamente para Fuente de Piedra si no para el conjunto del nacimiento de la cultura ibérica en Andalucía, por las características que presenta la necrópolis, tal es la importancia de la Fuente de Piedra en el municipio que la patrona también vincula su nombre con la creencia de sanación quedaban las aguas del pueblo Nuestra Señora de las Virtudes.

La fuente de origen romano aunque fue levantada en el siglo XVIII es de base ancha y forma triangular hacia arriba construida a partir de bloques de piedras reconstruidos a su vez de una fuente anterior, sus aguas eran conocidas en el mundo entero por sus propiedades curativas se dice que sanaba numerosos males y entre ellos el de la piedra del riñón el pueblo tiene su origen en los asentamientos que surgieron en torno a la Fuente de Piedra cuándo se produce la decadencia del Imperio Romano es cuando empieza su apogeo, en esos dos siglos precisamente al amparo de la laguna que era el motor económico que pudo sobrevivir un poco aquella crisis generalizada en todo el imperio

Durante el periodo árabe también queda bastante documentado aunque no indican tanto esplendor, a partir 1547 nace el pueblo actual y se vive un momento de esplendor al amparo de las aguas de la fuente de la piedra con propiedades curativas que tienen las aguas

El momento de decadencia llega a partir del siglo 18 y la primera mitad del siglo 19 por la epidemia de tercianas y cuartanas que se dieron prácticamente en toda Andalucía y que aquí en Fuente de Piedra si vieron más acusada no solo por el estancamiento de las aguas por una falta de la capa freática lo que hizo que te estancas en las aguas y al mismo tiempo las propias características de la propia Laguna de Fuente de Piedra que se seca todos los años lógicamente daba en aquellos tiempos lugar al paludismo y otras enfermedades

A partir de entonces el pueblo va cogiendo su pulso durante el siglo XX tiene una buena proyección, la Fuente acabó enterrada en 1959 justo con el declive de la localidad tras el cierre y abandono de las Salinas y en 1990 fue recuperada y restaurada en quedando ahora bajo el amparo del Consistorio y en pleno centro de la ciudad como mero recuerdo de una época gloriosa e histórica sirviendo de homenaje por ser la encargada de dar nombre al pueblo